首先，玩家现在无需使用避难所3号上的控制台来启动“混乱模式”或调整混乱等级；直接通过ECHO设备菜单中的新选项卡就能随时开始挑战。请注意：多人游戏时主机玩家将负责决定混乱等级；而多人游戏配对时将自动与混乱等级相近的玩家进行配对。

该模式中共有25种全新模组，将按难度分为简单、中等、困难或极难。简单模组能够向玩家提供极大帮助：包括能实际提高武器伤害（同时也会增加后坐力和散射）的“重踢能量”；或是能大幅增加敌人头部大小，以便打出暴击的“银河大脑”等有用项目。

但当玩家踏入中等及以上等级的模组时，游戏的内容将变得更富挑战性。举例而言，在中等模组中，地面将呈现为熔岩，原地停留将会受到熔岩的持续伤害，因此玩家必须时刻保持移动；而在困难模组中，“无人机游侠”将生成协助敌人战斗的治疗无人机。包括极难模组在内的剩余部分，我们就交给各位去自行探索吧。

游戏将随机选取模组，但各混乱等级的模组标号和难度分类则固定相同，请参见以下列表。

提升混乱等级后，敌人爆出的武器质量将提升。例如，混乱等级2中爆出的“切割者”冲锋枪将比混乱1中爆出的同款武器强大。根据各混乱等级中不断提高的敌人生命、护盾和武器值，玩家在混乱等级中获得的武器伤害加成可为下个等级的战斗打下基础。同时，玩家在玩混乱等级6或以上等级时，还有机会从特定boss处爆出专属的8种全新传奇级武器。例如传奇级自动狙击步枪“沙鹰”，其可一次性射出9枚子弹，并以老鹰挥翅的形态进行飞翔。

在“混乱模式”的层层考验中，对秘藏猎人的搭配和战斗技能进行终极测验，尝试在混乱等级10中逃出升天。